مقدمه
ميدان نيرو
حداقل سازي (MM) يا بهينه سازي هندسي
شبيه سازي ديناميک مولکولي(MD)
کاربردها و چالش هاي شبيه سازي ديناميک مولکولي
آشنايي با برنامه گرومکس
شبيه سازي مونت کارلو(MC)
هومولوژي مدلينگ
آشنايي با روش هاي مدل سازي داکينگ(Docking)
مدل :
يک زير مجموعه يا زير سيستم از سيستم اصلي که ساده تر از سيستمي است که از آن الگو مي گيردو باعث درک بهتر از آن و پيشگويي خواص ورفتار آن سامانه مي شود.
مدل سازي مولکولي:
تقليد رفتار يک مولکول در غالب رياضي و فيزيک
شبيه سازی
(هم رفتاري يا هم کرداري):
در مطالعه پديده ها شرايطي (آزمايشگاهي يا رايانه اي) ايجاد مي کنيم که متناظر
با شرايط طبيعي است، باشدمثلا مطالعه زندگي پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازي ، شبيه سازي مي تواند پيچيده تر
از سيستم مورد مطالعه باشد.
متناظر يعني نظير به نظير
متناظر : دما ، فشار، تعداد متغير ها ، …
اطلاعات حاصل از شبيه سازي هم از لحاظ تحقيقاتي و هم از لحاظ صنعتي سودمند اند زيرا انجام آزمايش هاي تجربي در
آن شرايط شبيه سازي شده يا غير ممکن است يا هزينه بر است.
تعداد بسيار زيادي از پديده ها را از مقياس اتمي تا مقياس کهکشان مي توان با شبيه سازي مطالعه کرد.
براي شبيه سازي مولکولي سيستم مورد مطالعه ابتدا براي آن مدلي پيشنهاد مي کنيم و مشاهده پذير هاي آن انتخاب مي شود
سپس شبيه سازي انجام مي شود تا پيکر بندی های مختلف از يک سيستم يا مولکول را توليد مي کنيم و ويژگي هاي
ميکروسکوپي يک سامانه ( مثل جرم اتم ها ، برهم کنش هاي اتم ها ، ساختار هندسي مولکول و … ) را به خواص
ماکروسکوپي سامانه ( مثل دما ، فشار ، حجم وانرژي دروني …) ارتباط مي دهيم.
مراحل کلي يک شبيه سازي :